Ей там! Като доставчик на услуги за анализ на микробни данни, аз съм бил в гъстата му, когато става въпрос за избор на правилната платформа за секвениране за микробни данни. Това е решаващо решение, което може да вземе или наруши вашите проекти за изследвания или анализ. Така че, нека се потопим в факторите, които трябва да вземете предвид, когато правите този избор.
Разходи
Да започнем с очевидната: цена. Последователността може да бъде скъпо и цената може да варира значително в зависимост от платформата. Трябва да помислите за първоначалните разходи, като цената на самата машина за секвениране. Някои платформи са доста бюджетни - приятелски настроени, докато други са високи - край и идват с огромна цена.
Тогава са продължаващите разходи. Това включва неща като реагенти, които се използват в процеса на секвениране. Някои платформи използват по -скъпи реагенти, които наистина могат да се добавят с течение на времето. Също така трябва да вземете предвид цената на съхранението и анализа на данните. Високата - пропускателната секвениране генерира един тон данни, а съхраняването и анализирането му може да бъде скъпо.
За по -малки лаборатории или проекти с строги бюджети често е решаващият фактор. Но не забравяйте, че понякога плащането на малко по -напред може да ви спести пари в дългосрочен план, ако платформата е по -ефективна и изисква по -евтини реагенти.
Пропускателна способност
Пропускателната способност се отнася до количеството данни, които платформата за секвениране може да генерира в даден момент. Ако работите по голям мащабен проект, като секвениране на геномите на стотици или хиляди микробни проби, ще ви е необходима платформа с висока пропускателна способност.
Платформите с висока пропускателна способност могат да обработват няколко проби едновременно, което спестява време и пари. От друга страна, ако работите само върху няколко проби наведнъж, платформата с по -ниска пропускателна способност може да е достатъчна. Ще бъде по -евтино и може да бъде по -лесно да се управлява.
Например, ако използвате aАнализатор на кривата на растеж на микробЗа да проучите растежа на малък брой микробни щамове, може да не се нуждаете от супер висока платформа за секвениране на пропускателна способност.
Прочетена дължина
Дължината на четене е друг важен фактор. Това е дължината на фрагментите на ДНК или РНК, която секвениращата платформа може да се чете наведнъж. По -дългите дължини на четене могат да бъдат наистина полезни за определени видове анализ.
Например, ако се опитвате да сглобите пълен микробен геном, по -дългите дължини на четене могат да ви помогнат да попълните пропуските и да получите по -точна картина. Те също могат да бъдат по -добри за откриване на структурни вариации в генома.
Въпреки това платформите с по -дълги дължини на четене често имат по -ниска пропускателна способност и могат да бъдат по -скъпи. Така че, трябва да балансирате нуждата си от дълги четения с другите си изисквания, като цена и пропускателна способност.
Точност
Точността е ключова, когато става въпрос за анализ на микробни данни. Искате да сте сигурни, че избраната от вас платформа за секвениране може да осигури надеждни и точни резултати.
Някои платформи са известни със своята висока точност, докато други може да имат по -висока степен на грешка. Платформите с висока точност са особено важни, ако правите изследвания, които изискват точна генетична информация, като изучаване на еволюцията на микробните популации или идентифициране на специфични гени.
Имайте предвид, че точността може да бъде повлияна и от други фактори, като качеството на извадката и използваните методи за анализ на данни. Но добрата платформа за секвениране е солидна основа за точни резултати.
Лесна употреба
Нека си признаем, че не всеки е експерт по секвениране. И така, лекотата на използване на платформа за секвениране е голяма работа. Платформа, която е лесна за работа и поддържане, може да ви спести много главоболие.
Потърсете платформи, които се предлагат с приятелски софтуер и ясни инструкции. Някои платформи дори предлагат обучение и поддръжка, което може да бъде наистина полезно, ако сте нови за секвениране.
Ако вашата лаборатория има комбинация от опитни и начинаещи потребители, лесната платформа за използване може да гарантира, че всеки може да допринесе за процеса на секвениране.
Съвместимост със съществуващото оборудване
Ако вашата лаборатория вече има някакво оборудване за микробен анализ, ще искате да изберете платформа за секвениране, която е съвместима с нея. Това може да ви спести пари за закупуване на ново оборудване и да улесни интегрирането на последователността в съществуващия си работен процес.
Например, ако използватеАвтоматичен анализатор на кривата на растеж на микробите, може да искате платформа за секвениране, която може да работи безпроблемно с данните, генерирани от анализатора.
Възможности за анализ на данни
След като получите данните си за секвениране, трябва да можете да ги анализирате. Различните платформи за секвениране се предлагат с различни инструменти за анализ на данни.
Някои платформи предлагат вграден - в софтуер, който може да извърши основен анализ, като подравняване на четения и идентифициране на гени. Други може да изискват от вас да използвате софтуер за трети партия.
Помислете за нуждите си от анализи на данни. Ако имате екип за биоинформатика във вашата лаборатория, те може да успеят да се справят с сложен анализ с трети инструменти за парти. Но ако сте малка лаборатория без много биоинформатична поддръжка, платформа с лесна - да използвате вградени - в инструментите за анализ може да бъде по -добър избор.
Подкрепа от общността
Общността на последователността може да бъде чудесен ресурс. Потърсете платформи, които имат голяма и активна общност на потребителите. Това означава, че има повече хора, които могат да споделят своя опит, да отстранят проблемите и да предлагат съвети.
Можете да намерите онлайн форуми, конференции и работилници, където можете да се свържете с други потребители на същата платформа. Това може да бъде наистина полезно, особено ако се сблъскате с проблеми по време на процеса на секвениране.
Репутация на продавача
Репутацията на продавача също е важна. Искате да работите с компания, която има добър опит в предоставянето на висококачествени продукти и услуги.
Потърсете отзиви и препоръки от други потребители. Проверете дали доставчикът предлага добра поддръжка на клиенти, включително техническа поддръжка и услуги за поддръжка. Надеждният доставчик може да направи голяма промяна в дългосрочния успех на вашите проекти за секвениране.
Бъдеще - доказателство
Накрая искате да помислите за бъдещето. Технологията постоянно се развива и не искате да инвестирате в платформа за секвениране, която ще остарее след няколко години.
Потърсете платформи, които се разработват и актуализират активно. Продавачите, които са ангажирани с изследвания и разработки, са по -склонни да предлагат нови функции и подобрения във времето. Това може да гарантира, че вашата платформа за секвениране остава подходяща и полезна за години напред.
В заключение, изборът на правилната платформа за секвениране за анализ на микробни данни е сложно решение, което изисква внимателно разглеждане на множество фактори. Като отделите време за оценка на тези фактори, можете да направите информиран избор, който отговаря на нуждите на вашите проекти за изследвания или анализ.
Ако се интересувате да научите повече за нашите услуги за анализ на микробни данни или се нуждаете от помощ за избора на правилната платформа за секвениране, не се колебайте да се свържете. Тук сме, за да ви помогнем на всяка стъпка от пътя и да ви помогнем да извлечете максимума от вашите микробни данни.
ЛИТЕРАТУРА
- Metzker, ML (2010). Технологии за секвениране - следващото поколение. Nature Reviews Genetics, 11 (1), 31 - 46.
- Goodwin, S., McPherson, JD, & McCombie, WR (2016). Очаквайте на възраст: Десет години на следващото - технологии за секвениране на поколение. Nature Reviews Genetics, 17 (6), 333 - 351.
