Ей там! Аз съм от доставчик на анализ на микробни данни и днес искам да разговарям за общите методи за анализ на микробните данни. Това е супер интересно поле и има много за покриване, така че нека се потопим точно.
1. Методи, базирани на култура -
Един от най -старите и най -лесните начини за анализ на микробните данни е чрез методи, базирани на култура. Ние отглеждаме микроорганизми на културни среди, което осигурява всички хранителни вещества, от които се нуждаят, за да процъфтяват. Това може да бъде на твърди агарови плочи или в течен бульон.
Когато използваме агарови плочи, можем да преброим броя на колониите. Всяка колония обикновено представлява един жизнеспособен микроорганизъм, който се е умножил във видим клъстер. Това ни дава представа за плътността на микробната популация в проба. Например, ако тестваме качеството на водата, можем да разпространим малко количество вода върху агарната плоча и да преброим колониите след определен период на инкубация.
В течния бульон можем да наблюдаваме растежа на микроорганизмите, като измерваме мътността. Докато микробите растат и се размножават, бульонът става облачен. Можем да използваме спектрофотометър за измерване на количеството светлина, абсорбирано от бульона. Колкото повече светлина се абсорбира, толкова по -голяма е микробната популация. Това е прост и ефективен начин за проследяване на растежа във времето. Можете да научите повече за анализа на растежа на микробите с нашитеАвтоматичен анализатор на кривата на растеж на микробите, което може точно да измери тези промени.
2. Методи на молекулярна биология
През последните години методите на молекулярна биология станаха изключително популярни при анализа на микробните данни. Тези методи ни позволяват да изучаваме генетичния материал на микроорганизмите, като ни дава по -задълбочено разбиране на тяхната идентичност, разнообразие и функция.
Полимеразна верижна реакция (PCR)
PCR е игра - смяна. Той може да амплифицира специфични ДНК последователности от малко количество проба. Ние проектираме праймери, които се свързват с целевата ДНК последователност, а след това PCR машината преминава през серия от цикли на нагряване и охлаждане, за да копира ДНК. Това е чудесно за откриване на наличието на специфични микроорганизми. Например, в безопасността на храните можем да използваме PCR за откриване на вредни бактерии като E. coli или салмонела в проби от храна.
Следващо - Покорно секвениране (NGS)
NGS извежда нещата на следващото ниво. Той може да секвенцията на целия геном на микробна общност за кратък период. Това ни дава изчерпателен поглед върху микробното разнообразие в извадка. Можем да идентифицираме различни видове, да изучаваме техните генетични връзки и дори да разгледаме функциите на ген. Например, в екологичната микробиология, NGS могат да ни помогнат да разберем микробните общности в почвата, водата или въздуха. Това е мощен инструмент за изследвания и може да се използва и в индустрии като селско стопанство и биотехнологии.
3. Анализ на биоинформатиката
След като имаме суровите данни от културата, базирани или молекулярни методи, трябва да го осмислим. Точно там идва биоинформатиката.
Подравняване на последователността
Когато имаме ДНК или РНК последователности от NGS или PCR, трябва да ги сравним с известни последователности в бази данни. Алгоритмите за подравняване на последователността съвпадат с нашите последователности с тези в бази данни, за да идентифицират микроорганизмите. Това ни помага да класифицираме вида и да разберем техните еволюционни отношения.
Статистически анализ
Ние също използваме статистически методи за анализ на микробни данни. Например, можем да използваме индекси за разнообразие, за да измерим богатството и равномерността на микробната общност. Тези индекси ни казват колко различни видове присъстват и колко равномерно се разпространяват. Статистическият анализ също може да ни помогне да идентифицираме значителни разлики между пробите. Например, ако сравняваме микробните общности при здрави и болни индивиди, статистическите тестове могат да ни кажат кои видове са по -обилни във всяка група.
4. Метаболомика
Метаболомиката е свързана с изучаването на малките молекули (метаболити), произведени от микроорганизми. Микробите произвеждат широк спектър от метаболити по време на техния растеж и метаболизъм и тези метаболити могат да ни кажат много за тяхната активност и функция.
Можем да използваме техники като масспектрометрия и ядрен магнитен резонанс (NMR), за да анализираме метаболитите в проба. Чрез идентифициране и количествено определяне на тези метаболити можем да разберем метаболитните пътища на микроорганизмите. Това е полезно в области като откриване на лекарства, където можем да търсим нови биоактивни съединения, произведени от микроби.
5. Техники за изображения
Техниките за изображения ни позволяват директно да визуализираме микроорганизмите.
Лека микроскопия
Леката микроскопия е най -основната форма на изображения. Можем да използваме различни петна, за да направим микроорганизмите по -видими и да изучаваме тяхната морфология. Например оцветяването с грам може да ни помогне да разграничим грам - положителни и грам - отрицателни бактерии въз основа на структурата на тяхната клетъчна стена.
Електронна микроскопия
Електронната микроскопия осигурява много по -висока разделителна способност от светлинната микроскопия. Това може да ни покаже подробната структура на микроорганизмите, включително техните клетъчни мембрани, органели и дори повърхностни характеристики. Трансмисионната електронна микроскопия (TEM) може да ни покаже вътрешната структура на клетките, докато сканиращата електронна микроскопия (SEM) може да ни даде 3D изглед на клетъчната повърхност.
6. Поточна цитометрия
Проточната цитометрия е техника, която може да анализира и сортира отделни клетки в течен поток. Можем да маркираме микроорганизмите с флуоресцентни багрила, които се свързват със специфични молекули на клетъчната повърхност или вътре в клетката. Докато клетките преминават през лазерен лъч, се откриват флуоресцентни сигнали и можем да събираме данни за размера на клетките, формата и наличието на специфични молекули. Това е полезно за изучаване на физиологичното състояние на микроорганизмите и за разделяне на различни типове клетки в смесена популация.
Сега, ако се занимавате с анализ на микробни данни, знаете колко е важно да имате правилните инструменти и експертиза. Нашата компания предлага широка гама от продукти и услуги за анализ на микробни данни. Независимо дали имате нужда от aАнализатор на кривата на растеж на микробЗа да измерим точно растежа на микробните или усъвършенстваната поддръжка на биоинформатиката за анализа на данните на NGS, ние ви обхванахме.
Ако се интересувате да научите повече за нашите продукти и услуги или искате да обсъдите потенциална покупка, не се колебайте да се свържете. Тук сме, за да ви помогнем с всички ваши нужди за анализ на микробни данни.
ЛИТЕРАТУРА
- Madigan, MT, Martinko, JM, Bender, KS, Buckley, DH, & Stahl, DA (2015). Брок биология на микроорганизмите. Пиърсън.
- Koonin, EV, & Galperin, My (2003). Последователност - Еволюция - Функция: изчислителни подходи в сравнителната геномика. Спрингър.
- Prakash, T., & Taylor, TD (2012). Метагеномика: Инструменти и прозрения за некултурни микроби. Caister Academic Press.
